Com a Restauração do Reino, D. João IV nomeou Governadores das Armas para cada uma das províncias, ficando sob sua alçada tudo o que dizia respeito ao serviço militar. Em 1645 foi publicado o Regimento de Fronteiras, mas só a 1 de Junho de 1678 surge o 1º Regimento relativo aos Governadores das Armas, logo actualizado pelo Regimento de 19 de Abril de 1679. A Resolução de 11 de Fevereiro de 1710 determinou que na ausência dos Governadores das Armas de qualquer das províncias cabia ao general ou oficial de maior patente esse governo. O Governador das Armas tinha 2 ajudantes de campo, segundo o Aviso de 9 de Maio de 1742. Em 1807, através do alvará de 21 de Outubro, foram fixados os novos limites dos 7 governos militares, cabendo a Trás-os-Montes os seguintes: a Norte, a fronteira de Espanha; a oeste, os termos de Barqueiros, Mezão-Frio, Teixeira, Santa Marta, Vila Real, Ermelo, Mondim, Serva, Ribeira de Pena, Ruivães e Monte Alegre; a Sul e a Este, o rio Douro. A este Governo de Armas cabia a jurisdição sobre as praças militares da província de Trás-os-Montes (Decreto de 29 de Outubro de 1807). Com a extinção dos Governos das Armas substituídos por Divisões Militares, de acordo com o Decreto de 26 de Novembro de 1836, o Governo das Armas de Trás-os-Montes deu origem à 5ª Divisão Militar.